这时的长崎有一部分是幕府的直辖地，还有一部分是肥前国大村藩、平户藩和岛原藩的领地。

        但长崎港及所有的对外贸易是归幕府直接管辖，掌管这里事务的是长崎奉行，属于老中直属的远国奉行之一。

        所谓远国奉行，是负责管辖江户以外的幕府直辖地的官员。

        长畸奉行是长畸町的最高行政司法长官，还是防备外敌入侵和基督教传播的最高军事长官。

        现任的长崎奉行共有两人，按照制度，一个人驻在江户，负责幕府与长崎之间的联络，称为在府奉行；

        一个人驻在长崎，负责一应具体事务的管理，称为在勤奉行。

        长崎有了重要事情不能自行决策时，在勤奉行就要向幕府汇报，等待老中的裁决。幕府则是通过长崎的在府奉行给予答复，传递指示。

        这时长崎的在府奉行是田付景厖，在勤奉行是松波正房。两个人每年九月交代，也就是轮岗的意思。

        鉴于长崎位置的重要性，承应二年（1653年），平户藩主松浦镇信奉命在女神、荫尾、神崎、白崎、高鉾、长刀岸和大多越这七处修建了炮台。

        宽永十八年（1641年），幕府命令福冈黑田家在长崎港入口处的户町和对岸的西泊两处修建番所，并驻兵守备。

        次年，命佐贺锅岛家前来交代，之后就成为定例，两藩一年一交代，轮流出兵在长崎驻防。

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